Le Comité de Pilotage à pour missions de :

 Superviser la mise en œuvre de la SGFP ;
 Orienter, coordonner, arbitrer et décider ;
 Impulser les reformes et encourager les efforts des différentes parties prenantes ;
 Approuver le plan d’actions triennal et ses mises à jour régulières en fonctions des progrès accomplis.

Le Comité de pilotage est présidé par le Ministre ayant en charge les finances. Il comprend les membres permanents suivants :

 Présidents des groupes Techniques ;
 Directeurs Généraux du ministère en charge des finances :
 Le Secrétaire permanent des Réformes Economiques et Sociale (SP/REFES) :
 Le Conseiller Coordonnateur de la cellule d’Appui, Secrétaire technique du Comité de pilotage ;
 Le Secrétaire permanent du Comité de Coordination des Aides (SP/CNCA) :
 Un représentant du Ministère en charge de la planification :
 Un représentant du Ministère en charge de l’enseignement Primaire et Secondaire ;
 Un représentant du Ministère en charge de la Santé Publique ;
 Un représentant du Ministère de l’Agriculture et de l’Elevage :
 Un représentant du Ministère en charge des Affaires de la Communauté Est-Africaine ;
 Un représentant de l’inspection Générale de l’Etat ;
 Un partenaire social.

Des représentants des partenaires Techniques et Financiers sont associés aux travaux du Comité de Pilotage.

Le Comité de Pilotage se réunit une fois par trimestre. A l’issue de chaque session, il prépare un rapport qui est transmis à la Présidence de la République et, pour information, aux Partenaires Techniques et Financiers du Burundi. Ce rapport est rendu public.